Vologda, bu şehri Sukhona ve Sheksna nehirlerinin havzaları aracılığıyla Arkhangelsk'e bağlayan eski bir su yolu olan aynı adı taşıyan nehrin sağ kıyısında yer almaktadır.
Tarihi kaynaklarda şehirden ilk kez XII. Yüzyılda bahsedilmektedir. 15. yüzyılda Vologda, Veliky Novgorod tarafından yönetildi. 1462'den yirmi yıl boyunca Vologda, Appanage prensliğinin merkeziydi, ancak 1481'den itibaren hükümdarı İvan III olan Moskova prensliğinin yönetimi altına girdi.
1565'te Korkunç İvan, Vologda'da ikinci oprichnina konutunu kurmaya karar verdi. Buraya taştan bir Kremlin ve kale inşa etmek istedi. Binlerce zanaatkar ve köylü Vologda'ya götürüldü ve inşaatın başında İngiliz mühendis H. Locke vardı. Planda Kremlin bir dikdörtgendi. Kuzey tarafında, Vologda Nehri tarafından korundu ve her iki tarafta da suyla bir hendek kazıldı. Ancak 1571'de Kırım Hanının baskını ve Vologda'da başlayan veba, IV. İvan'ı Moskova'ya dönmeye zorladı. Kralın ayrılmasıyla inşaat durdu.
Ciddi tahkimatların olmaması nedeniyle Vologda, 1612'de Polonya-Litvanya ordusunun işgalinden büyük zarar gördü. Ancak şehir hızla yeniden inşa edildi ve hatta eski boyutunu aştı. 17. yüzyılın sonunda, Vologda'nın tarihi merkezi dört bölümden oluşuyordu: Şehir, Verkhniy Posad, Nizhniy Posad ve Zarechye. Ancak, 18. yüzyılın başında, Vologda'nın ekonomik konumu, St. Petersburg'un kurulması ve Baltık Denizi'ndeki ticaretin gelişmesi nedeniyle biraz zayıfladı.
1708'de Vologda, Arkhangelsk bölgesine dahil edildi. Ancak zaten 1719'da şehir, Vologda eyaletinin merkezi ve 1796'da - 1929'a kadar var olan Vologda eyaletinin merkezi oldu.
19. yüzyılda şehir, entelijansiyanın birçok üyesi için siyasi bir sürgün yeri haline geldi. 1918'de Vologda, 5 ay boyunca Rusya'nın "diplomatik başkenti" rolünü oynadı. Brest Barış Antlaşması'nın imzalanmasından sonra, özellikle ABD, Büyük Britanya, Fransa, Japonya, Çin, Brezilya vb. 11 büyük devletin elçilikleri ve misyonları geçici olarak buraya taşındı.
Artık Vologda, hem Ruslar hem de yabancı turistler tarafından ziyaret edilen popüler bir turizm merkezidir.
